SWIFOLD : (Record no. 56883)

MARC details
000 -CABECERA
campo de control de longitud fija 02393naa a2200289 a 4500
003 - IDENTIFICADOR DEL NÚMERO DE CONTROL
campo de control AR-LpUFIB
005 - FECHA Y HORA DE LA ÚLTIMA TRANSACCIÓN
campo de control 20250311170453.0
008 - DATOS DE LONGITUD FIJA--INFORMACIÓN GENERAL
campo de control de longitud fija 230201s2018 xx o 000 0 eng d
024 8# - Otro identificador estandar
Número estándar o código DIF-M7779
-- 7996
-- DIF007108
040 ## - FUENTE DE LA CATALOGACIÓN
Centro catalogador/agencia de origen AR-LpUFIB
Lengua de catalogación spa
Centro/agencia transcriptor AR-LpUFIB
100 1# - ENTRADA PRINCIPAL--NOMBRE DE PERSONA
Nombre de persona Rucci, Enzo
245 10 - MENCIÓN DE TÍTULO
Título SWIFOLD :
Resto del título Smith-Waterman implementation on FPGA with OpenCL for long DNA sequences
300 ## - DESCRIPCIÓN FÍSICA
Extensión 1 archivo (764,0 kB)
500 ## - NOTA GENERAL
Nota general Formato de archivo PDF. -- Este documento es producción intelectual de la Facultad de Informática - UNLP (Colección BIPA/Biblioteca)
520 ## - SUMARIO, ETC.
Sumario, etc. Background The Smith-Waterman (SW) algorithm is the best choice for searching similar regions between two DNA or protein sequences. However, it may become impracticable in some contexts due to its high computational demands. Consequently, the computer science community has focused on the use of modern parallel architectures such as Graphics Processing Units (GPUs), Xeon Phi accelerators and Field Programmable Gate Arrays (FGPAs) to speed up large-scale workloads. Results This paper presents and evaluates SWIFOLD: a Smith-Waterman parallel Implementation on FPGA with OpenCL for Long DNA sequences. First, we evaluate its performance and resource usage for different kernel configurations. Next, we carry out a performance comparison between our tool and other state-of-the-art implementations considering three different datasets. SWIFOLD offers the best average performance for small and medium test sets, achieving a performance that is independent of input size and sequence similarity. In addition, SWIFOLD provides competitive performance rates in comparison with GPU-based implementations on the latest GPU generation for the large dataset. Conclusions The results suggest that SWIFOLD can be a serious contender for accelerating the SW alignment of DNA sequences of unrestricted size in an affordable way reaching on average 125 GCUPS and almost a peak of 270 GCUPS.
534 ## - NOTA SOBRE LA VERSIÓN ORIGINAL
Encabezamiento principal del original BMC Systems Biology, 12(S5), pp. 44-131.
650 #4 - PUNTO DE ACCESO ADICIONAL DE MATERIA--TÉRMINO DE MATERIA
Término de materia o nombre geográfico como elemento de entrada COMPUTACIÓN DE ALTO RENDIMIENTO - HPC
653 ## - TÉRMINO DE INDIZACIÓN--NO CONTROLADO
Término no controlado ADN
653 ## - TÉRMINO DE INDIZACIÓN--NO CONTROLADO
Término no controlado Smith-Waterman
700 1# - PUNTO DE ACCESO ADICIONAL--NOMBRE DE PERSONA
Nombre de persona García, Carlos Diego
700 1# - PUNTO DE ACCESO ADICIONAL--NOMBRE DE PERSONA
Nombre de persona Botella, Guillermo
700 1# - PUNTO DE ACCESO ADICIONAL--NOMBRE DE PERSONA
Nombre de persona De Giusti, Armando Eduardo
700 1# - PUNTO DE ACCESO ADICIONAL--NOMBRE DE PERSONA
Nombre de persona Naiouf, Ricardo Marcelo
700 1# - PUNTO DE ACCESO ADICIONAL--NOMBRE DE PERSONA
Nombre de persona Prieto-Matias, Manuel
856 40 - LOCALIZACIÓN Y ACCESO ELECTRÓNICOS
Identificador Uniforme del Recurso <a href="https://doi.org/10.1186/s12918-018-0614-6">https://doi.org/10.1186/s12918-018-0614-6</a>
942 ## - ELEMENTOS DE PUNTO DE ACCESO ADICIONAL (KOHA)
Tipo de ítem Koha Capítulo de libro
Holdings
Estado de retiro Estado de pérdida Estado dañado Disponibilidad Colección Biblioteca permanente Biblioteca actual Fecha de adquisición Total de préstamos Signatura topográfica completa Fecha visto por última vez Identificador Uniforme del Recurso Precio válido a partir de Tipo de ítem Koha
      Recurso en Línea Biblioteca digital Biblioteca de la Facultad de Informática Biblioteca de la Facultad de Informática 11/03/2025   A0934 11/03/2025 http://catalogo.info.unlp.edu.ar/meran/getDocument.pl?id=1679 11/03/2025 Capítulo de libro